Para eliminar todos los productos de Magento con un script de PHP se puede realizar de la siguiente manera.
Primero se obtienen todos los productos y luego se los recorre con un loop y se los elimina uno a uno.
require_once '../app/Mage.php';
Mage::app();
error_reporting(E_ALL);
ini_set('display_errors', '1');
Mage::register('isSecureArea', true);
try {
$collection = Mage::getModel('catalog/product')
->getCollection()
->addAttributeToSelect('*');
$i = 0;
foreach ($collection as $product) {
echo "Eliminando producto: " . $product->getId() . "
";
$product->delete();
}
} catch (Exception $e) {
echo 'Error';
} Mage::unregister('isSecureArea');